Манастирът е разположен в местността Соколова пещера по горното течение на река Янтра, сред северните склонове на Стара планина, на 4 километра южно от етнографското селище Етъра и на 12 километра югоизточно от Габрово. До манастира има автобусен транспорт, а от Етъра може да се достигне по маркираните пътеки за по-малко от два часа.

Местността Соколова пещера дава името както на манастира, така и на неговия създател архимандрит Йосиф Соколски.

Соколския манастир е основан през 1833 година от Архимандрит Йосиф, известен по-късно в борбата за църковна автономия като униатски архиепископ Йосиф Соколски. Той пристига в родния си край от Троянския манастир придружен от йеромонах Агапий.

Църквата и първата жилищна сграда са построени от известния първомайстор Константин от Пещера, който впоследствие ще построи още и съборните църкви на Троянския и Батошевския манастир. В двора с жилищните корпуси се намира известната Соколска чешма, която се сочи за дело на първомайстор Никола Фичев.

Новооснованият манастир е тържествено открит на 15 август 1834 г. от Търновския патриаршески митрополит Иларион Критски. През 1836 г. Йосиф Соколски открива в манастира училище, където за кратко време учител е Неофит Бозвели. В манастира Йосиф Соколски разкрива и книжовен център. Дякон Иларион е изпратен в Търново да изучи псалтира, да търси и подготвя учители.

На 31 юли 1856 г. тук се установява четата на Капитан Дядо Никола (1856 г.), с намерение да го превърне в център на подготвяното от него въстание. Тук е и осветено знамето на четата. Васил Левски също е намирал подслон тук.

Години наред църквата на Соколския манастир стояла без украса. Тя била без стенописи, без хубав иконостас, с лоша подова настилка. Руският вицеконсул от Пловдив Найден Геров, който посетил манастира на храмовия му празник (15 август) 1858 г., с възмущение отбелязал, че църквата е оставена в занемарено състояние, лишена от всякакви украшения, дори нямала и храмова икона „Успение Богородично“.

През 1862 година поп Павел Зограф и синът му Никола от с. Шипка, Казанлъшко украсяват със стенописи наоса на църквата и нартекса ѝ. Същата година е изработен и иконостасът с царски и празнични икони от известните представители на Тревненската школа Йоаники папа Витанов, Симеон Цонюв и др. За направата му са похарчени 2500 гроша. На него били поставени 6 големи царски икони и 15 малки празнични икони. В купола е изобразен Исус Христос. Храмовата икона е рисувана от габровския живописец Христо Цокев и е негово дарение. Тя е подписана: „Живопис Хр. Цокев, Габрово, 8 авг. 1880 г.“. През 1868 година Уста Кольо Фичето построява каменна чешма, днес ценен архитектурен паметник.

На 1 май 1876 се събират въстаниците на войводата Цанко Дюстабанов и оттук Габровската чета започва бойния си път. По време на Априлското въстание от 1876 г. тук е приютена четата на Дюстабанов. От манастира, благословени от монасите, те се отправят и бият селата Кръвеник и Ново село). Турците разбиват четата, а осем от четниците увисват на бесилката на скалите край манастира, а телата им са хвърлени в пропастта. Дюстабанов увисва на бесилката в Търново.

По време на Руско-турската война (1877 – 1878) манастирът е превърнат във военна болница.

От основаването си до 1959 година манастирът е бил мъжки и в него са служили над 100 монаси. Монашеското братство се е оглавявало от 15 игумена. През 1839 архимандрит Йосиф Соколски основава в Габрово девическия манастир „Свето Благовещение“, който е взривен през 1959 г. от комунистическата власт в България и монахините са преместени в Соколския манастир. В северната част на манастира през 1968 г. монахините уреждат параклис „Свето Благовещение“ и в него експонират запазения иконостас и иконите „Иисус Христос“ и „Света Богородица с Младенеца“, рисувани от Захари Зограф.